Движок принятия решений по стратегиям отбора в селекции с CRISPR

Система управления для селекции.

BreedOS помогает селекционерам и биоинженерам выбирать, что скрещивать, что редактировать и что сохранять — без потери долгосрочного генетического разнообразия.

Демо и Decision Report — на английском. Локализован только посадочный лендинг.

геномная селекция эволюционная симуляция дрейф / инбридинг селекция с CRISPR планирование на много поколений
BreedOS стратегия отбора на будущие поколения

В селекции стало много данных, но решения принимать всё так же трудно.

Селекционные команды генерируют геномные данные, фенотипы, полевые испытания, родословные, данные о среде и всё чаще — данные о генном редактировании. Но ключевое решение по-прежнему сложно: что скрестить, что отредактировать, что сохранить, и что произойдёт через 10 или 20 поколений?

Селекция — это не только задача предсказания. На более глубоком уровне это задача управления эволюционирующей популяцией на горизонте многих поколений.

BreedOS — это слой принятия решений.

Цифровой двойник отбора

Симулирует генетический прирост, дрейф аллельных частот, потерю разнообразия, инбридинг, узкие места и оптимальность будущих решений по отбору.

Планировщик геномной селекции (roadmap)

Будет ранжировать кандидатов в родители, сравнивать скрещивания и подбирать стратегии отбора с учётом долгосрочных ограничений. Производственная интеграция — в плане программы.

Слой стратегии CRISPR

Расставляет приоритеты кандидатов на редактирование и проверяет, какая комбинация — правка, скрещивание или их сочетание — даёт лучшую траекторию популяции.

CRISPR — это ограниченная, но мощная функция «записи» в геном. BreedOS решает, что именно писать.

BreedOS не проектирует guide-РНК, не считает off-target-эффекты, не даёт лабораторных протоколов — это покрывают Benchling, Synthego, CRISPResso и смежные инструменты. BreedOS показывает продуктовый слой над ними: планирование отбора с учётом редактирований. Кандидаты на правку ранжируются по ожидаемому эффекту на признак, текущей частоте аллеля и логике популяционных рисков; выбранные правки можно засеять в симулированную популяцию и распространить через сбалансированный отбор.

Чтение

Генотипы, фенотипы, родословные, среда, варианты-кандидаты.

Решение

Скрестить, отредактировать, сохранить, отклонить или удержать как резерв разнообразия.

Управление

Симулировать траекторию популяции до того, как тратить ресурсы.

Питч в одну строку

BreedOS — движок принятия решений для искусственного отбора. Помогает селекционным командам оптимизировать генетический прирост на горизонте поколений, не теряя разнообразие, без которого невозможны дальнейшие улучшения.

Почему сейчас

  • Секвенирование сделало биологические популяции читаемыми.
  • CRISPR и precision breeding сделали биологию записываемой.
  • ИИ и дешёвые вычисления делают возможными многопоколенные системы принятия биологических решений.
  • Узкое место сместилось с генерации данных на интеллект принятия решений.

Стартовый плацдарм

Селекционные команды в растениеводстве и аграрной биотехнологии, работающие над климато-устойчивыми признаками: засухоустойчивость, жароустойчивость, устойчивость к болезням, устойчивость к засолению, стабильность урожая, эффективность использования ресурсов.

Симулятор и Decision Report — на английском.