CRISPR yordamidagi seleksiyada tanlov strategiyalari uchun qaror mexanizmi

Seleksiya uchun boshqaruv tizimi.

BreedOS seleksionerlar va biomuhandislarga yordam beradi: nimani chatishtirish, nimani tahrirlash va nimani saqlashni tanlashda — uzoq muddatli genetik xilma-xillikni saqlagan holda.

MVP demoni ishga tushirish GitHubda ko'rish

Demo va Decision Report — ingliz tilida. Faqat boshlang'ich sahifa tarjima qilingan.

genomik seleksiya evolyutsion simulyatsiya genetik dreyf / inbridding CRISPR seleksiyasi ko'p avlodli rejalashtirish
BreedOS kelajak avlodlari uchun tanlov strategiyasi

Seleksiyada ma'lumotlar ko'p, lekin qarorlar hali ham qiyin.

Seleksiya jamoalari bugun ko'p turdagi ma'lumotlarni yig'adi: genomik ma'lumotlar, fenotiplar, dala sinovlari, nasl-nasab yozuvlari, atrof-muhit o'lchovlari va tobora ko'proq genlarni tahrirlash ma'lumotlari. Lekin asosiy qaror hali ham qiyin: nimani chatishtirish, nimani tahrirlash, nimani saqlash kerak va keyingi 10 yoki 20 avlod davomida nima bo'ladi?

Seleksiya — bu faqat bashorat qilish masalasi emas. Tubdan, bu evolyutsiyalanayotgan populyatsiya ustidan ko'p avlodli boshqaruv masalasi.

BreedOS — bu qaror qatlami.

Tanlovning raqamli egizagi

Genetik o'sishni, allel chastotalari dreyfini, xilma-xillik yo'qotilishini, inbriddingni, populyatsiya torayishini va kelajakdagi tanlov imkoniyatlarini simulyatsiya qiladi.

Genomik seleksiyani rejalashtiruvchi (roadmap)

Nomzod ota-onalarni reytinglash, chatishtirishlarni solishtirish va uzoq muddatli cheklovlar ostida tanlov strategiyalarini tanlashga mo'ljallangan. Ishlab chiqarish integratsiyasi dasturda rejalashtirilgan.

CRISPR strategiyasi qatlami

Tahrirlash nomzodlariga ustuvorlik beradi va tahrirlash, chatishtirish yoki ularning birikmasi populyatsiyaning eng yaxshi yo'lini yaratishini tekshiradi.

CRISPR seleksionerlarga cheklangan, lekin kuchli «yozish» funksiyasini beradi. BreedOS nimani yozishni hal qiladi.

BreedOS guide RNA loyihalashtirmaydi, off-target ta'sirlarni baholamaydi va laboratoriya protokollarini bermaydi — buni Benchling, Synthego, CRISPResso va boshqa quyi oqim vositalari qiladi. BreedOS ularning ustidagi mahsulot qatlamini ko'rsatadi: tahrirlashni hisobga oluvchi tanlov rejalashtirish. Nomzod tahrirlar kutilayotgan belgi qiymati, joriy allel chastotasi va populyatsiya xavfi mantig'i bo'yicha reytinglanadi; tanlangan tahrirlar simulyatsiya qilingan populyatsiyaga «sepiladi» va keyin muvozanatli tanlov orqali tarqaladi.

O'qish

Genotiplar, fenotiplar, nasl-nasab, atrof-muhit, nomzod variantlar.

→
Qaror

Chatishtirish, tahrirlash, saqlash, rad etish yoki xilma-xillik zaxirasi sifatida ushlab turish.

→
Boshqaruv

Resurslarni sarflashdan oldin populyatsiya yo'lini simulyatsiya qilish.

Bir qatorli taqdimot

BreedOS — sun'iy tanlov uchun qaror mexanizmi. Seleksiya jamoalariga avlodlar davomida genetik o'sishni optimallashtirishda yordam beradi, kelajakdagi yaxshilanishni mumkin qiluvchi xilma-xillikni yo'qotmasdan.

Nima uchun aynan hozir

  • Sekvenslash biologik populyatsiyalarni o'qiluvchan qildi.
  • CRISPR va aniq seleksiya biologiyani yozuvchan qildi.
  • AI va arzon hisoblash ko'p avlodli biologik qaror tizimlarini mumkin qiladi.
  • To'siq endi ma'lumot yaratishda emas; qaror aql-idrokida.

Boshlang'ich bozor

Iqlimga chidamli belgilar ustida ishlayotgan ekin va agrar biotexnologiya seleksiya jamoalari: qurg'oqchilikka chidamlilik, issiqlikka chidamlilik, kasalliklarga qarshilik, sho'rga chidamlilik, hosil barqarorligi va resurslardan samarali foydalanish.

Tanlov simulyatorini ishga tushirish GitHubda ko'rish

Simulyator va Decision Report — ingliz tilida.